"Der Kerker des Geistes" erzählt von den geheimen Machtkämpfen zwischen Päpsten und der Inquisition in der Zeit zwischen dem Dreißigjährigen Krieg und dem Zeitalter der Aufklärung. Die Kirche sieht sich nicht mehr von Ketzern, sondern von Wissenschaftlern und Philosophen bedroht. Nicht mehr Menschen, sondern Bücher landen nun auf dem Scheiterhaufen. Der Film zeigt den Versuch von Kardinal-Inquisitor Robert Bellarmin (gespielt von Peter Rühring), den großen Gelehrten Galileo Galilei (Manfred Andrae) vor der Inquisition zu schützen.
Bellarmins Mühe ist umsonst: nach dem Tod seines Fürsprechers wird Galilei vor das Tribunal gezwungen und muss seinen Lehren abschwören.Ein Jahrhundert später unternimmt der Inquisitor und Papst Benedikt XIV. (Dieter Mann) eine radikale Reform der Inquisitionsbehörde. Doch der mutige Papst steht mit seinen Plänen bald allein, wird selbst von seinen Freunden verraten und unterliegt zuletzt im Kampf mit dem intriganten Inquisitor Ganganelli (Michael Hornig). Die überraschende Erkenntnis in dieser Folge: Selbst der Papst war häufig ohnmächtig gegenüber der Inquisition, auch wenn er dieser Institution eigentlich als oberster Dienstherr vorstand.
Die Sendung wird ausgestrahlt am Freitag, den 13.05.2016 um 21:45 Uhr auf Phoenix.